医療におけるファクタリングは病院経営に取って非常に大きな効果をもたらすものとして注目されています。一般的に病院の経営における収入源の大半は診療を受けた患者が支払う医療費であり、診療の多くは保険診療であるため保健機関から支払われる診療報酬が非常に大きな割合を占めています。しかし、日本の場合診療報酬の請求の仕組み上、診療を行ってから実際に入金がされるまで最大で2カ月程度の遅れが有り、これが病院の経営を圧迫する大きな要因となっています。医療におけるファクタリングはこの保険診療の報酬を先取りすることができるため、開業直後などで支出が多い病院にとっては非常に便利なばかりでなく経営改善の手段としても非常に有益な方法です。
またファクタリングは金融機関などが行うもので保険診療の報酬を債権としてお金を貸すイメージですが、保険機関の信頼度が高いため手数料が安く借りられるメリットがあります。しかし、ファクタリングを利用することで本来の保険の入金タイミングを基準としたキャッシュフローとはサイクルが異なってしまうため、これを止めようとする際には一時的にお金が入らない時期を乗り越えなければ行けないこととなります。そのため最大2か月分の現金をストックしてキャッシュフローを改善させる必要があり、病院経営に於いて大きな負担となります。最近では開業時に費用の不足をファクタリングを利用して補うことも少なくありませんが、節度を持って利用することが重要です。